van Oudenaarden: Kwantitatieve biologie

Terug naar onderzoeksgroepen

De Van Oudenaarden groep gebruikt een combinatie van experimentele, computationele en theoretische benaderingen om de besluitvorming in cellen te kwantificeren. Het onderzoek is met name gericht op vragen uit de ontwikkelings- en stamcelbiologie.

Wij zijn geïnteresseerd in hoe cellen netwerken van genen gebruiken in de besluitvorming, zelfs wanneer de genexpressie fluctueert. Hiervoor gebruiken en ontwikkelen wij een breed scala aan single-cell-methoden, waaronder sequencing en kwantitatieve imagingtechnieken.

Key publicationsView all publications

Mapping the physical network of cellular interactions

J. C. Boisset, J. Vivié, D. Grün, M. J. Muraro, A. Lyubimova, and A. van Oudenaarden

Nature Methods 15, 547 - 553

Download|2018

Parental haplotype-specific single-cell transcriptomics reveal incomplete epigenetic reprogramming in human female germ cells

Á. Vértesy, W. Arindrarto, M. S. Roost, B. Reinius, V. Torrens-Juaneda, M. Bialecka, I. Moustakas, Y. Ariyurek, E. Kuijk, H. Mei, R. Sandberg, A. van Oudenaarden, and S. M. Chuva de Sousa Lopes

Nature Communications 9, 1873

Download|2018

Single-cell transcriptomics meets lineage tracing

L. Kester and A. van Oudenaarden

Cell Stem Cell 23, 166-179

Download|2018

Whole-organism clone tracing using single-cell sequencing

A. Alemany, M. Florescu, C. S. Baron, J. Peterson-Maduro, and A. van Oudenaarden

Nature 556, 108 – 112

Download|2018

Single-cell sequencing reveals dissociation-induced gene expression in tissue subpopulations

S. C. van den Brink, F. Sage, Á. Vértesy, B. Spanjaard, J. Peterson-Maduro, C. S. Baron, C. Robin, and A. van Oudenaarden

Nature Methods 14, 935 – 936

Download|2017

De novo prediction of stem cell identity using single-cell transcriptome data

D. Grün, M. J. Muraro, J. C. Boisset, K. Wiebrands, A. Lyubimova, G. Dharmadhikari, M. van den Born, J. van Es, E. Jansen, H. Clevers, E.J.P. de Koning, and A. van Oudenaarden

Cell Stem Cell 19, 266 – 277

Download|2016

A single-cell transcriptome atlas of the human pancreas

M. J. Muraro, G. Dharmadhikari, D. Grün, N. Groen, T. Dielen, E. Jansen, L. van Gurp, M. A. Engelse, F. Carlotti, E.J.P. de Koning, and A. van Oudenaarden

Cell Systems 3, 385 – 394

Download|2016

Single-cell 5hmC sequencing reveals chromosome-wide cell-to-cell variability and enables lineage reconstruction

D. Mooijman, S. S. Dey, J. C. Boisset, N. Crosetto, and A. van Oudenaarden

Nature Biotechnology 34, 852 – 856

Download|2016

Single-cell mRNA sequencing reveals rare intestinal cell types

D. Grün, A. Lyubimova, L. Kester, K. Wiebrands, O. Basak, N. Sasaki, H. Clevers, and A. van Oudenaarden

Nature 525, 251 – 255

Download|2015

Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell

S. S. Dey, L. Kester, B. Spanjaard, M. Bienko, and A. van Oudenaarden

Nature Biotechnology 33, 285 – 289

Download|2015

Cell 163, 799 – 810

Download|2015

MicroRNA control of protein expression noise

J. M. Schmiedel, S. L. Klemm, Y. Zheng, A. Sahay, N. Blüthgen, D. S. Marks, and A. van Oudenaarden

Science 348, 128 – 132

Download|2015

Spatially resolved transcriptomics and beyond

N. Crosetto, M. Bienko, and A. van Oudenaarden

Nature Reviews Genetics 16, 57 – 66

Download|2015

Genome-wide RNA tomography in the zebrafish embryo

J. P. Junker, E. S. Noel, V. Guryev, K. A. Peterson, G. Shah, J. Huisken, A. P. McMahon, E. J. Berezikov, J. Bakkers, and A. van Oudenaarden

Cell 159, 662 – 675

Download|2014

Validation of noise models for single-cell transcriptomics

D. Grün, L. Kester, and A. van Oudenaarden

Nature Methods 11, 637 – 640

Download|2014

Overige publicaties

Blastocyst-like structures generated solely from stem cells

N. C. Rivron, J. Frias-Aldeguer, E. Vrij, J. C. Boisset, J. Korving, J. Vivié, R. Truckenmüller, A. van Oudenaarden, C. A. van Blitterswijk, and N. Geijsen

Nature 557, 106 - 111

Download|2018

Dynamics of lineage commitment revealed by single-cell transcriptomics of differentiating embryonic stem cells

S. Semrau, J. E. Goldmann, M. Soumillon, T. S. Mikkelsen, R. Jaenisch, and A. van Oudenaarden

Nature Communications 8: 1096

Download|2017

Identity and dynamics of mammary stem cells during branching morphogenesis

C. L. Scheele, E. Hannezo, M. J. Muraro, A. Zomer, N. S. Langedijk, A. van Oudenaarden, B. D. Simons, and J. van Rheenen

Nature 542, 313-317

Download|2017

Cell Stem Cell 20, 177-190

Download|2017

Replacement of lost Lgr5-positive stem cells through plasticity of their enterocyte-lineage daughters

P. W. Tetteh, O. Basak, H. F. Farin, K. Wiebrands, K. Kretzschmar, H. Begthel, M. van den Born, J. Korving, F. de Sauvage, J. H. van Es, A. van Oudenaarden, and H. Clevers

Cell Stem Cell 18, 203 – 213

Download|2016

Dissecting immune circuits by linking CRISPR-pooled screens with single-cell RNA-seq

D. A. Jaitin, A. Weiner, I. Yofe, D. Lara-Astiaso, H. Keren-Shaul, E. David, T. M. Salame, A. Tanay, A. van Oudenaarden, and I. Amit

Cell 167, 1883-1896

Download|2016

Plasticity between epithelial and mesenchymal states unlinks EMT from metastasis-enhancing stem cell capacity

E. Beerling, D. Seinstra, E. de Wit, L. Kester, D. van der Velden, C. Maynard, R. Schäfer, P. van Diest, E. Voest, A. van Oudenaarden, N. Vrisekoop, and J. van Rheenen

Cell Reports 14, 2281 – 2288

Download|2016

Spatially resolved genome-wide transcriptional profiling identifies BMP signaling as essential regulator of zebrafish cardiomyocyte regeneration

C. C. Wu, F. Kruse, M. D. Vasudevarao, J. P. Junker, D. C. Zebrowski, K. Fischer, E. S. Noël, D. Grün, E. Berezikov, F. B. Engel, A. van Oudenaarden, G. Weidinger, and J. Bakkers

Developmental Cell 36, 36 – 49

Download|2016

Annual Review of Cell and Developmental Biology 31, 317 – 345

Download|2015

Differential stoichiometry among core ribosomal proteins

N. Slavov, S. Semrau, E. Airoldi, B. Budnik, and A. van Oudenaarden

Cell Reports 13, 865 – 873

Download|2015

Ascl2 acts as a R-spondin/Wnt-responsive switch to control stemness in intestinal crypt

J. Schuijers, J. P. Junker, M. Mokry, P. Hatzis, B. K. Koo, V. Sasselli, L. G. van der Flier, E. Cuppen, A. van Oudenaarden, and H. Clevers

Cell Stem Cell 16, 158 – 170

Download|2015

Genome-wide maps of nuclear lamina interactions in single human cells

J. Kind, L. Pagie, S. S. de Vries, L. Nahidiazar, S. S. Dey, M. Bienko, Y. Zhan, B. Lajoie, C. A. de Graaf, M. Amendola, G. Fudenberg, M. Imakaev, L. A. Mirny, K. Jalink, J. Dekker, A. van Oudenaarden, and B. van Steensel

Cell 63, 134 – 147

Download|2015

Cells change their sensitivity to an EGF morphogen gradient to control EGF-induced gene expression

J. S. van Zon, S. Kienle, G. Huelsz-Prince, M. Barkoulas, and A. van Oudenaarden

Nature Communications 6: 7053

Download|2015

A predictive model of bifunctional transcription factor signaling during embryonic tissue patterning

J. P. Junker, K. A. Peterson, Y. Nishi, J. Mao, A. P. McMahon, and A. van Oudenaarden

Developmental Cell 31, 448 – 460

Download|2014

Cell intrinsic modulation of Wnt signaling controls neuroblast migration in C. elegans

R. A. Mentink, T. C. Middelkoop L. Rella, N. Ji, C. Y. Tang, M. C. Betist, A. van Oudenaarden, and H. C. Korswagen

Developmental Cell 31, 188 – 201

Download|2014

Inter- and intratumoral heterogeneity of BCL2 correlates with IgH expression and prognosis in follicular lymphoma

A. Barreca, C. Martinengo, L. Annaratone, L. Righi, A. Chiappella, M. Ladetto, A. Demurtas, L. Chiusa, A. Stacchini, N. Crosetto, A. van Oudenaarden, and R. Chiarle

Blood Cancer Journal Oct 10; 4:e249

Download|2014

Constant growth rate can be supported by decreasing energy flux and increasing aerobic glycolysis

N. Slavov, B. A. Budnik, D. Schwab, E. M. Airoldi, and A. van Oudenaarden

Cell Reports 7, 705 – 714

Download|2014

Transcriptional profiling of cells sorted by RNA abundance

S. Klemm, S. Semrau, K. Wiebrands, D. Mooijman, D. A. Faddah, R. Jaenisch, and A. van Oudenaarden

Nature Methods 11, 549 – 551

Download|2014

Cell 157, 8 – 11

Download|2014

Inference of tumor evolution during chemotherapy by computational modeling and in situ analysis of genetic and phenotypic cellular diversity

V. Almendro, Y. K. Cheng, A. Randles, S. Itzkovitz, A. Marusyk, E. Ametller, X. Gonzalez-Farre, M. Muñoz, H. G. Russnes, A. Helland, I. H. Rye, A. L. Borresen-Dale, R. Maruyama, A. van Oudenaarden, M. Dowsett, R. L. Jones, J. Reis-Filho, P. Gascon, M. Gönen, F. Michor, and K. Polyak

Cell Reports 6, 514 – 527

Download|2014

Genetic and Phenotypic Diversity in Breast Tumor Metastases

V. Almendro, H. J. Kim, Y. K. Cheng, M. Gönen, S. Itzkovitz, P. Argani, A. van Oudenaarden, S. Sukumar, F. Michor, and K. Polyak

Cancer Research 74, 1 – 11

Download|2014

Global discovery of erythroid long non-coding RNAs reveals novel regulators of red cell maturation

J. R. Alvarez-Dominguez, W. Hu, B. Yuan, J. Shi , S. S. Park, A. A. Gromatzk, A. van Oudenaarden, and H. F. Lodish

Blood 123, 570 – 581

Download|2014

FuseFISH: Robust detection of transcribed gene fusions in single cells

S. Semrau, N. Crosetto, M. Bienko, M. Boni, P. Bernasconi, R. Chiarle, and A. van Oudenaarden

Cell Reports 6, 18 – 23

Download|2014

Proceedings of the National Academy of Sciences USA 110, 18602 – 18607

Download|2013

Feedback control of gene expression variability in the Caenorhabditis elegans Wnt pathway

N. Ji, T. C. Middelkoop, R. A. Mentink, M. C. Betist, S. Tonegawa, D. Mooijman, H. C. Korswagen, and A. van Oudenaarden

Cell 155, 869 – 880

Download|2013

Nature Genetics 45, 1337 – 1344

Download|2013

Single-molecule mRNA detection and counting in mammalian tissue

A. Lyubimova, S. Itzkovitz, J. P. Junker, Z. P. Fan, X. Wu, and A. van Oudenaarden

Nature Protocols 8, 1743 – 1758

Download|2013

Nature Methods 10, 869 – 871

Download|2013

Stochastic cytokine expression induces mixed T helper cell states

M. Fang, H. Xie, S. K. Dougan, H. Ploegh, and A. van Oudenaarden

PLoS Biology 11: e1001618

Download|2013

Systematic identification of signal-activated stochastic gene regulation

G. Neuert, B. Munsky, R. Z. Tan, L. Teytelman, M. Khammash, and A. van Oudenaarden

Science 339, 584-587

Download|2013

Robustness and epistasis in the C. elegans vulval signaling network revealed by pathway dosage modulation

M. Barkoulas, J. S. van Zon, J. Milloz, A. van Oudenaarden, and M. A. Félix

Developmental Cell 24, 64-75

Download|2013

Deconvolving the roles of Wnt ligands and receptors in sensing and amplification

R. Z. Tan, N. Ji, R. A. Mentink, H. C. Korswagen, and A. van Oudenaarden

Molecular Systems Biology 9:631

Download|2013

A versatile genome-scale PCR-based pipeline for high-definition DNA FISH

M. Bienko, N. Crosetto, L. Teytelman, S. Klemm, S. Itzkovitz, and A. van Oudenaarden

Nature Methods 10, 122-124

Download|2013

Cell Stem Cell 11, 452-460

Download|2012

Using gene expression noise to understand gene regulation

B. Munsky, G. Neuert, and A. van Oudenaarden

Science 336, 183-187

Download|2012

Single-cell expression analyses during cellular reprogramming reveal an early stochastic and a late hierarchic phase

Y. Buganim, D. A. Faddah, A. W. Cheng, E. Itskovich, S. Markoulaki, K. Ganz, S. L. Klemm, A. van Oudenaarden, and R. Jaenisch

Cell 150, 1209-1212

Download|2012

Slug and sox9 cooperatively determine the mammary stem cell state

W. Guo, Z. Keckesova, J. L. Donaher, T. Shibue, V. Tischler, F. Reinhardt, S. Itzkovitz, A. Noske, U. Zürrer-Härdi, G. Bell, W. L. Tam, S. A. Mani, A. van Oudenaarden, and R. A. Weinberg

Cell 148, 1015-1028

Download|2012

Single-cell analysis reveals that noncoding RNAs contribute to clonal heterogeneity by modulating transcription factor recruitment

S. Bumgarner, G. Neuert, B. F. Voight, A. Symbor-Nagrabska, P. Grisafi, A. van Oudenaarden, and G. R. Fink

Molecular Cell 45, 470-482

Download|2012

Single-molecule transcript counting of stem-cell markers in the mouse intestine

S. Itzkovitz, A. Lyubimova, I.C. Blat, M. Maynard, J. van Es, J. Lees, T. Jacks, H. Clevers, A. van Oudenaarden

Nature Cell Biology 14, 106-114

Download|2012

Optimality in development of intestinal crypts

S. Itzkovitz, I. Blat, T. Jacks, H. Clevers, and A. van Oudenaarden

Cell 148, 608-619

Download|2012

Validating transcripts with probes and imaging technology

S. Itzkovitz and A. van Oudenaarden

Nature Methods 8, S12-S19

Download|2011

MicroRNAs can generate thresholds in target gene expression

S. Mukherji, M.S. Ebert, G. X. Y. Zheng, J.S. Tsang, P.A. Sharp, and A. van Oudenaarden

Nature Genetics 43, 854-859

Download|2011

Cellular decision-making and biological noise: from microbes to mammals

G. Balázsi, A. van Oudenaarden, and J.J. Collins

Cell 144, 910-925

Download|2011

A general mechanism for network-dosage compensation in gene networks

M. Acar, B.F. Pando, F.H. Arnold, M.B. Elowitz, and A. van Oudenaarden

Science 329, 1656-1660

Download|2010

Molecular Cell 38, 140-153

Download|2010

Circadian gating of the cell cycle revealed in single cyanobacterial cells

Q. Yang, B. F. Pando, G. Dong, S. S. Golden, and A. van Oudenaarden

Science 327, 1522-1526

Download|2010

Variability in gene expression underlies incomplete penetrance

A. Raj, S.A. Rifkin, E. Andersen, and A. van Oudenaarden

Nature 463, 913-918

Download|2010

Nature Review Genetics 10, 859-871

Download|2009

Nature 462, 875-880

Download|2009

A systems-level analysis of perfect adaptation in yeast osmoregulation

D. Muzzey, C. Gomez-Uribe, J.T. Mettetal, and A. van Oudenaarden

Cell 138, 160-171

Download|2009

Snowdrift game dynamics and facultative cheating in yeast

J. Gore, H. Youk, and A. van Oudenaarden

Nature 459, 253-256

Download|2009

Cell 135, 216-226

Download|2008

Imaging individual mRNA molecules using multiple singly labeled probes

A. Raj, P. van den Bogaard, S.A. Rifkin, A. van Oudenaarden, and S. Tyagi

Nature Methods 5, 877-879

Download|2008

Stochastic switching as a survival strategy in fluctuating environments

M. Acar, J.T. Mettetal, and A. van Oudenaarden

Nature Genetics 40, 471-475

Download|2008

The frequency dependence of osmo-adaptation in Saccharomyces cerevisiae

J.T. Mettetal, D. Muzzey, C. Gomez-Uribe, and A. van Oudenaarden

Science 319, 482-484

Download|2008

Stochastic gene expression out-of-steady-state in the cyanobacterial circadian clock

J.R. Chabot, J.M. Pedraza, P. Luitel, and A. van Oudenaarden

Nature 450, 1249-1252

Download|2007

Nature Genetics 39, 269-275

Download|2007

Molecular Cell 26, 753-767

Download|2007

Enhancement of cellular memory by reducing stochastic transitions

M. Acar, A. Becskei, and A. van Oudenaarden

Nature 435, 228

Download|2005

Noise propagation in gene networks

J.M. Pedraza and A. van Oudenaarden

Science 307, 1965-1969

Download|2005

Nature Genetics 37, 937-944

Download|2005

Multistability in the lactose utilization network of Escherichia coli

E.M. Ozbudak, M. Thattai, H.N. Lim, B.I. Shraiman, and A. van Oudenaarden

Nature 427, 737

Download|2004

Amplitude control of cell-cycle waves by nuclear import

A. Becskei, M.G. Boselli, and A. van Oudenaarden

Nature Cell Biology 6, 451

Download|2004

Regulation of noise in the expression of a single gene

E. Ozbudak, M. Thattai, I. Kurtser, A.D. Grossman and A. van Oudenaarden

Nature Genetics 31, 69

Download|2002

Intrinsic noise in gene regulatory networks

M. Thattai and A. van Oudenaarden

PNAS 98, 8614

Download|2001

  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • 6

Groepsleider

Alexander van Oudenaarden

Alexander van Oudenaarden is directeur van het Hubrecht Institute en hoogleraar Kwantitatieve Biologie van Genregulatie bij het Universitair Medisch Centrum Utrecht en de Universiteit Utrecht. De Van Oudenaarden groep combineert biologie met natuurkunde en informatica om inzicht te krijgen in de kwantitatieve ontwikkelingsbiologie en stamcellen. De onderzoekers ontwikkelen nieuwe technieken voor het kwantificeren van genexpressie en bestuderen de regulatie van genexpressie in individuele cellen. Alexander van Oudenaarden is een van de pioniers van de single-cell RNA-sequencing en zijn lab heeft verschillende bioinformatica-tools ontwikkeld om deze data nauwkeurig te analyseren. Hun voornaamste interesse is het onderzoeken van de mechanismen waarmee cellen met hetzelfde genotype en dezelfde omgeving toch verschillende fenotypen ontwikkelen.

Wetenschappelijke ontwikkeling en posities

Prijzen

Andere activiteiten


Groepsleden

Alexander van Oudenaarden

Group Leader

Josi Peterson

Technician

Judith Vivié

Technician

Reinier van der Linden

Technician

Anna van Oudenaarden

Senior Researcher

Anna Alemany Arias

Postdoc

Maya Sen

Postdoc

Christoph Geisenberger

Postdoc

Nico Battich

Postdoc

Fredrik Salmén

Postdoc

Peter Zeller

Postdoc

Marijn van Loenhout

Postdoc

Susanne van den Brink

PhD Student

Maria Florescu

PhD Student

Buys de Barbanson

PhD Student

Chloé Baron

PhD Student

Marloes Blotenburg

PhD Student

Emma Dann

Student

Iris Bally

Student

Alumni – Postdoctoral Students

Alumni – Graduate Students