van Oudenaarden: Kwantitatieve biologie

Terug naar onderzoeksgroepen

De Van Oudenaarden groep gebruikt een combinatie van experimentele, computationele en theoretische benaderingen om de besluitvorming in cellen te kwantificeren. Het onderzoek is met name gericht op vragen uit de ontwikkelings- en stamcelbiologie.

De groep van Alexander van Oudenaarden is geïnteresseerd in hoe cellen netwerken van genen gebruiken in de besluitvorming, zelfs wanneer de genexpressie fluctueert. Hiervoor gebruiken de onderzoekers een breed scala aan single-cell-methoden, waaronder sequencing en kwantitatieve imagingtechnieken.

Key publicationsView all publications

Whole-organism clone tracing using single-cell sequencing

A. Alemany, M. Florescu, C. S. Baron, J. Peterson-Maduro, and A. van Oudenaarden

Nature 556, 108 – 112

Download|2018

Single-cell sequencing reveals dissociation-induced gene expression in tissue subpopulations

S. C. van den Brink, F. Sage, Á. Vértesy, B. Spanjaard, J. Peterson-Maduro, C. S. Baron, C. Robin, and A. van Oudenaarden

Nature Methods 14, 935-936

Download|2017

De novo prediction of stem cell identity using single-cell transcriptome data

D. Grün, M. J. Muraro, J. C. Boisset, K. Wiebrands, A. Lyubimova, G. Dharmadhikari, M. van den Born, J. van Es, E. Jansen, H. Clevers, E.J.P. de Koning, and A. van Oudenaarden

Cell Stem Cell 19, 266 – 277

Download|2016

A single-cell transcriptome atlas of the human pancreas

M. J. Muraro, G. Dharmadhikari, D. Grün, N. Groen, T. Dielen, E. Jansen, L. van Gurp, M. A. Engelse, F. Carlotti, E.J.P. de Koning, and A. van Oudenaarden

Cell Systems 3, 385-394

Download|2016

Single-cell 5hmC sequencing reveals chromosome-wide cell-to-cell variability and enables lineage reconstruction

D. Mooijman, S. S. Dey, J. C. Boisset, N. Crosetto, and A. van Oudenaarden

Nature Biotechnology 34, 852 – 856

Download|2016

Single-cell mRNA sequencing reveals rare intestinal cell types

D. Grün, A. Lyubimova, L. Kester, K. Wiebrands, O. Basak, N. Sasaki, H. Clevers, and A. van Oudenaarden

Nature 525, 251 - 255

Download|2015

Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell

S. S. Dey, L. Kester, B. Spanjaard, M. Bienko, and A. van Oudenaarden

Nature Biotechnology 44, 285 – 289

Download|2015

Genome-wide RNA tomography in the zebrafish embryo

Junker JP, Noel ES [...] Bakkers J, van Oudenaarden A

Cell 159, 662 – 675

Download|2014

Validation of noise models for single-cell transcriptomics

D. Grün, L. Kester, and A. van Oudenaarden

Nature Methods 11, 637 – 640

Download|2014

Overige publicaties

Dynamics of lineage commitment revealed by single-cell transcriptomics of differentiating embryonic stem cells

S. Semrau, J. E. Goldmann, M. Soumillon, T. S. Mikkelsen, R. Jaenisch, and A. van Oudenaarden

Nature Communications 8: 1096

Download|2017

Single-cell sequencing reveals dissociation-induced gene expression in tissue subpopulations

S. C. van den Brink, F. Sage, Á. Vértesy, B. Spanjaard, J. Peterson-Maduro, C. S. Baron, C. Robin, and A. van Oudenaarden

Nature Methods 14, 935-936

Download|2017

Identity and dynamics of mammary stem cells during branching morphogenesis

C. L. Scheele, E. Hannezo, M. J. Muraro, A. Zomer, N. S. Langedijk, A. van Oudenaarden, B. D. Simons, and J. van Rheenen

Nature 542, 313-317

Download|2017

Cell Stem Cell 20, 177-190

Download|2017

A single-cell transcriptome atlas of the human pancreas

M. J. Muraro, G. Dharmadhikari, D. Grün, N. Groen, T. Dielen, E. Jansen, L. van Gurp, M. A. Engelse, F. Carlotti, E.J.P. de Koning, and A. van Oudenaarden

Cell Systems 3, 385-394 (2016)

Download|2016

De novo prediction of stem cell identity using single-cell transcriptome data

D. Grün, M. J. Muraro, J. C. Boisset, K. Wiebrands, A. Lyubimova, G. Dharmadhikari, M. van den Born, J. van Es, E. Jansen, H. Clevers, E.J.P. de Koning, and A. van Oudenaarden

Cell Stem Cell 19, 266 – 277

Download|2016

Replacement of lost Lgr5-positive stem cells through plasticity of their enterocyte-lineage daughters

P. W. Tetteh, O. Basak, H. F. Farin, K. Wiebrands, K. Kretzschmar, H. Begthel, M. van den Born, J. Korving, F. de Sauvage, J. H. van Es, A. van Oudenaarden, and H. Clevers

Cell Stem Cell 18, 203 – 213

Download|2016

Dissecting immune circuits by linking CRISPR-pooled screens with single-cell RNA-seq

D. A. Jaitin, A. Weiner, I. Yofe, D. Lara-Astiaso, H. Keren-Shaul, E. David, T. M. Salame, A. Tanay, A. van Oudenaarden, and I. Amit

Cell 167, 1883-1896

Download|2016

Single-cell 5hmC sequencing reveals chromosome-wide cell-to-cell variability and enables lineage reconstruction

D. Mooijman, S. S. Dey, J. C. Boisset, N. Crosetto, and A. van Oudenaarden

Nature Biotechnology 34, 852 – 856

Download|2016

Plasticity between epithelial and mesenchymal states unlinks EMT from metastasis-enhancing stem cell capacity

E. Beerling, D. Seinstra, E. de Wit, L. Kester, D. van der Velden, C. Maynard, R. Schäfer, P. van Diest, E. Voest, A. van Oudenaarden, N. Vrisekoop, and J. van Rheenen

Cell Reports 14, 2281 – 2288

Download|2016

Spatially resolved genome-wide transcriptional profiling identifies BMP signaling as essential regulator of zebrafish cardiomyocyte regeneration

C. C. Wu, F. Kruse, M. D. Vasudevarao, J. P. Junker, D. C. Zebrowski, K. Fischer, E. S. Noël, D. Grün, E. Berezikov, F. B. Engel, A. van Oudenaarden, G. Weidinger, and J. Bakkers

Developmental Cell 36, 36 – 49

Download|2016

Annual Review of Cell and Developmental Biology 31, 317 – 345

Download|2015

Differential stoichiometry among core ribosomal proteins

N. Slavov, S. Semrau, E. Airoldi, B. Budnik, and A. van Oudenaarden

Cell Reports 13, 865 – 873

Download|2015

Single-cell mRNA sequencing reveals rare intestinal cell types

D. Grün, A. Lyubimova, L. Kester, K. Wiebrands, O. Basak, N. Sasaki, H. Clevers, and A. van Oudenaarden

Nature 525, 251 – 255

Download|2015

Ascl2 acts as a R-spondin/Wnt-responsive switch to control stemness in intestinal crypt

J. Schuijers, J. P. Junker, M. Mokry, P. Hatzis, B. K. Koo, V. Sasselli, L. G. van der Flier, E. Cuppen, A. van Oudenaarden, and H. Clevers

Cell Stem Cell 16, 158 – 170

Download|2015

Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell

S. S. Dey, L. Kester, B. Spanjaard, M. Bienko, and A. van Oudenaarden

Nature Biotechnology 33, 285 – 289

Download|2015

Cell 163, 799 – 810

Download|2015

Genome-wide maps of nuclear lamina interactions in single human cells

J. Kind, L. Pagie, S. S. de Vries, L. Nahidiazar, S. S. Dey, M. Bienko, Y. Zhan, B. Lajoie, C. A. de Graaf, M. Amendola, G. Fudenberg, M. Imakaev, L. A. Mirny, K. Jalink, J. Dekker, A. van Oudenaarden, and B. van Steensel

Cell 63, 134 – 147

Download|2015

MicroRNA control of protein expression noise

J. M. Schmiedel, S. L. Klemm, Y. Zheng, A. Sahay, N. Blüthgen, D. S. Marks and A. van Oudenaarden

Science 348, 128 – 132

Download|2015

Cells change their sensitivity to an EGF morphogen gradient to control EGF-induced gene expression

J. S. van Zon, S. Kienle, G. Huelsz-Prince, M. Barkoulas, and A. van Oudenaarden

Nature Communications 6: 7053

Download|2015

Spatially resolved transcriptomics and beyond

N. Crosetto, M. Bienko, and A. van Oudenaarden

Nature Reviews Genetics 16, 57 – 66

Download|2015

  • 1
  • 2

Groepsleider

Alexander van Oudenaarden

Alexander van Oudenaarden is directeur van het Hubrecht Institute en hoogleraar Kwantitatieve Biologie van Genregulatie bij het Universitair Medisch Centrum Utrecht en de Universiteit Utrecht. De Van Oudenaarden groep combineert biologie met natuurkunde en informatica om inzicht te krijgen in de kwantitatieve ontwikkelingsbiologie en stamcellen. De onderzoekers ontwikkelen nieuwe technieken voor het kwantificeren van genexpressie en bestuderen de regulatie van genexpressie in individuele cellen. Alexander van Oudenaarden is een van de pioniers van de single-cell RNA-sequencing en zijn lab heeft verschillende bioinformatica-tools ontwikkeld om deze data nauwkeurig te analyseren. Hun voornaamste interesse is het onderzoeken van de mechanismen waarmee cellen met hetzelfde genotype en dezelfde omgeving toch verschillende fenotypen ontwikkelen.

Wetenschappelijke ontwikkeling en posities

Prijzen

Andere activiteiten


Groepsleden

Alexander van Oudenaarden

Group Leader

Josi Peterson

Technician

Judith Vivié

Technician

Reinier van der Linden

Technician

Anna van Oudenaarden

Senior Researcher

Jean-Charles Boisset

Postdoc

Aditya Barve

Postdoc

Anna Alemany Arias

Postdoc

Maya Sen

Postdoc

Christoph Geisenberger

Postdoc

Nico Battich

Postdoc

Fredrik Salmén

Postdoc

Peter Zeller

Postdoc

Marijn van Loenhout

Postdoc

Lennart Kester

PhD Student

Abel Vertesy

PhD Student

Susanne van den Brink

PhD Student

Mauro Muraro

PhD Student

Maria Florescu

PhD Student

Buys de Barbanson

PhD Student

Chloé Baron

PhD Student

Marloes Blotenburg

PhD Student

Emma Dann

Student

Valérie van der Schrier

Student

Iris Bally

Student

Alumni – Postdoctoral Students

Alumni – Graduate Students