Bothma: Dynamiek van transcriptie

Terug naar onderzoeksgroepen

De Bothma groep onderzoekt hoe niet-coderende regio’s van het genoom genexpressie reguleren tijdens de ontwikkeling, door het proces van transcriptie onder de microscoop zichtbaar te maken met de resolutie van individuele moleculen. A

Een van de blijvende mysteries in de natuur is de vraag hoe een individuele cel in een embryo zijn genoom interpreteert, zodat deze cel zich kan specialiseren in de vele verschillende celtypes waaruit een dier is opgebouwd. Het ontrafelen van dit mysterie belooft niet alleen nieuwe inzichten in ontwikkelingsstoornissen en kanker, maar ook het blootleggen van de organisatorische principes van het leven. Ook al hebben we alle regulerende factoren en niet-coderende regio’s van het genoom die celtypes karakteriseren ontdekt, we weten nog steeds niet hoe al deze factoren samenkomen om een dier te vormen. Een van de belangrijkste redenen voor deze kloof in onze kennis is dat we deze processen tot nu toe niet konden visualiseren in de tijd.

Key publicationsView all publications

Cell 173(7): 181-1822

Download|2018

eLIFE: e07956

Download|2015

PNAS 111(29): 10598-10603

Download|2014

Current Biology 21(18): 1571–1577

Download|2011

Groepsleider

Jacques Bothma

Jacques Bothma begon zijn wetenschappelijke carriere in Australie, waar hij zijn Bachelor of Science in de natuurkunde behaalde aan de Universiteit van Queensland. Hij besloot vervolgens over te stappen naar biologie en een PhD project te doen in biofysica aan de Universiteit van Californië, Berkeley, in de groep van Mike Levine. Hier ontrafelde hij genetische mechanismes die zorgen voor een robuuste en gecoördineerde inzet van genexpressie tijdens de ontwikkeling. Vervolgens bleef hij in Berkeley voor zijn postdoc. Tijdens deze postdoc verrichte hij baanbrekend werk in nieuwe en kwantitatieve live-imaging benadering voor het zichtbaar maken van transcriptie en gen-regulerende netwerken in embryo’s. Dit werk deed hij in het lab van Hernan Garcia. Bothma onderzoeken hoe niet-coderende delen van het genoom genexpressie controleren tijdens de ontwikkeling en ziekte. Hij zal hiervoor de nieuwste live-imaging technieken en kwantitatieve benaderingen gebruiken.


Groepsleden

Jacques Bothma

Group Leader

Rianne Grond

Technician

Jesse Brunsveld

Technician

Anthony Birnie

Postdoc

Emilia Cadar

PhD Student

Audrey Plat

PhD Student

Cemil Korkmaz

PhD Student

Rick Marsman

Student

Eirini Daskalaki

Student

Leah Gaspari

Student

Show all group members

Alumni

Period Current Position
Sjak van Grootel 2022-2022 Bachelors Student HBO
Anika van der Zant 2021-2022 Masters Student in MCLS at Utrecht University
Ilse van Tol 2021-2022 Bachelors Student HBO
Esmée Arents 2021-2022 Clinical Trail administrator EUPG/Ecraid
Yoav Vaizman 2021-2022 Masters Student
Defne Yalcin 2021-2022 Masters Student in CSND at Utrecht University
Koen Schuddemat 2019-2021 Masters Student in Biotechnology at Wageningen Univeristy & Research
Nathalie van Rijn 2021-2021 Bachelors student HBO
Amber Öztop 2021-2021 PhD student UU – Agathe Chaigne lab
Jochem Boeter 2020-2021 Software Developer at GenDx
Martin Schepers 2020-2021 Masters Student in Bioinformatics at Hanze University Groningen

 

Video's

We are currently recruiting enthusiastic, motivated people who are interested in working on exciting problems as part of a multidisciplinary team. We are interested in applicants from a broad range of backgrounds including, but not limited to, Biophysics, Developmental Biology, Cell Biology and Physics. If you are interested in learning more about the available position(s) in the lab, please send an email to Jacques Bothma, including a CV (with grades), a cover letter and names and contact information of 3 references.