Tcf als Wnt-effector
In 1991 rapporteerden we de klonering van een T-cel-specifieke transcriptiefactor die we TCF1 noemden (1). Verwante genen bestaan ​​in genomen in het hele dierenrijk. We hebben in kikkers (4), vliegen (7) en wormen (11) aangetoond dat de TCF-eiwitten de effectoren van het canonieke Wnt-pad vormen. Bij Wnt-signalering bindt β-catenine aan nucleaire TCF’s en activeert deze door een transactivatiedomein te leveren. Voor deze studies ontwierpen we de veelgebruikte pTOPFLASH Wnt-reporters. Bij afwezigheid van Wnt-signalering ontdekten we dat Tcf-factoren zich associëren met eiwitten van de Groucho-familie van transcriptionele repressoren om de transcriptie van doelgenen te onderdrukken (9).

Wnt-signalering bij kanker.
Het tumorsuppressoreiwit APC vormt de kern van een cytoplasmatisch complex dat β-catenine bindt en het markeert voor afbraak in het proteasoom. In APC-deficiënte coloncarcinomacellen hebben we aangetoond dat β-catenine zich ophoopt en constitutief gecomplexeerd is met het TCF-familielid TCF4, wat een moleculaire verklaring biedt voor het ontstaan ​​van darmkanker (5).

Wnt-signalering in volwassen stamcellen

Bij zoogdieren is fysiologische Wnt-signalering nauw verbonden met de biologie van volwassen stamcellen en zelfvernieuwende weefsels (18,19). Wij waren de eersten die Wnt-signalering in verband brachten met de biologie van volwassen stamcellen, toen we aantoonden dat verstoring van het TCF4-gen leidt tot de afschaffing van crypten in de dunne darm (8), en dat uitschakeling van het TCF1-gen het stamcelcompartiment van de thymus ernstig uitschakelt (2). Het door Tcf4 aangestuurde doelgenprogramma in colorectale kankercellen is de kwaadaardige tegenhanger van een fysiologisch genprogramma in zelfvernieuwende crypten (13, 14).

Lgr5 stamcelbiologie

Het Wnt-doelgen dat codeert voor de transcriptiefactor Achaete scute-like 2 reguleert de toestand van intestinale stamcellen (26). Lgr5-cryptstamcellen gedragen zich op onverwachte manieren: in tegenstelling tot wat algemeen wordt aangenomen, delen ze zich constant en symmetrisch. Het aantal stamcellen blijft constant omdat stamcellen ‘neutraal’ concurreren om nicheruimte (30). Dit fenomeen werd bevestigd door in vivo-beeldvorming (44). Dochters van de dunne-darmenstamcellen, de Paneth-cellen, fungeren als crypt-nichecellen door Wnt-, Notch- en EGF-signalen af ​​te geven (33). De transcriptionele hiërarchie van de verschillende entero-endocriene lijnen werd in kaart gebracht bij muizen en mensen (58, 66).

Lgr5 is de R-spondine receptor

Lgr5 bevindt zich in Wnt-receptorcomplexen en medieert de signalering van de Wnt-agonistische R-spondinen (31), wat de unieke afhankelijkheid van Lgr5-stamcellen van uitgescheiden R-spondinen in vivo en in vitro verklaart. Twee andere Wnt-doelgenen, RNF43 en ZNRF3, coderen voor stamcelspecifieke E3-ligasen die Wnt-receptoren downreguleren in een negatieve feedbacklus (35). Onafhankelijk onderzoek door het Feng Cong-lab heeft als eerste aangetoond dat R-spondine, wanneer gebonden aan Lgr5, RNF43/ZNRF3 vangt en inactiveert.

Langdurige klonale kweek van organoïden uit Lgr5-stamcellen. Modellering van infectieziekten, erfelijke ziekten en kanker in organoïden (besproken in 51)

Wnt-signalering werkt nauw samen met de BMP- en Notch-cascades om proliferatie te stimuleren en differentiatie te remmen in darmcrypten en adenomen (17, 20). Op basis van deze gecombineerde inzichten hebben we Lgr5/R-spondine-gebaseerde kweeksystemen ontwikkeld die de uitgroei van individuele muizen- of menselijke Lgr5-stamcellen tot steeds groter wordende organoïden mogelijk maken. Enkele voorbeelden zijn mini-darmen (27, 32), mini-magen (28), organoïden van dikkedarmkanker (32, 47), leverorganoïden (39, 46, 55), prostaatorganoïden (45), borstkankerorganoïden (53), eierstokkankerorganoïden (59), alvleesklierkankerorganoïden (48) en zelfs organoïden van slangengifklieren (61). Deze epitheliale organoïde culturen zijn genetisch en fenotypisch extreem stabiel, waardoor transplantatie van de gekweekte nakomelingen van een enkele stamcel mogelijk is, evenals ziektemodellering door organoïden rechtstreeks uit zieke patiëntweefsels te kweken (32, 47, 53). Het rechtstreeks klonen van meerdere individuele cellen uit primaire tumoren maakt moleculaire en functionele analyse van tumorheterogeniteit mogelijk met een ongekende resolutie (54).

Menselijke organoïden maken functionele analyses van zeldzame celtypen mogelijk, zoals entero-endocriene cellen (66). Ze lenen zich uitstekend voor CRISPR-gemedieerde genoommodificatie om bijvoorbeeld maligne transformatie (49) en mutagenese bij defecte DNA-reparatie (52) te modelleren, of om snel knock-in-allelen van genen van belang te creëren (62, 66). Menselijke rectale organoïden, die de erfelijke ziekte cystische fibrose modelleren, worden nu routinematig gebruikt om de respons op medicijnen bij CF-patiënten te voorspellen. In 2013 leverden we het eerste bewijs voor het concept van CRISPR-gemedieerde reparatie van een erfelijke mutatie in stamcellen van patiënten (43, 64). Menselijke organoïden modelleren ook infectieziekten, zoals bijvoorbeeld aangetoond voor Cryptosporidium (55), een mutagene E. coli-stam (63) en voor SARS-CoV-2 (65).

Kortom, van stamcellen afgeleide organoïden (zoals voor het eerst beschreven door Sasai voor pluripotente stamcellen en door ons voor volwassen stamcellen) winnen snel aan populariteit als onderzoeksinstrumenten in een breed scala aan wetenschappelijke disciplines, waaronder fundamentele ontwikkelings- en celbiologie, infectiologie, toxicologie en onderzoek naar erfelijke ziekten en kanker.

Kankermodellering in combinatie met menselijke organoïdetechnologie

In deze video vat Hans Clevers het gebruik van organoïden in kankeronderzoek samen.

Geselecteerde artikelen (uit circa 880 peer-reviewed artikelen met circa 220.000 citaties in Scopus; h-index 225)

1. van de Wetering, M., Oosterwegel, M., Dooijes, D. en Clevers, H., Identificatie en klonering van TCF-1, een T-cel-specifieke transcriptiefactor met een sequentie-specifieke HMG-box. EMBO J. 10:123-132 (1991)
2. Verbeek, JS, Ison, D., Hofhuis, F., Robanus-Maandag, E., te Riele, H., van de Wetering, M., Oosterwegel, M., Wilson, A., MacDonald, HR en Clevers, H. Een HMG-box met T-celfactor die nodig is voor differentiatie van thymocyten. Natuur 374: 70-74 (1995)
3. Schilham, M., Oosterwegel, M., Moerer, P., Jing, Y., de Boer, P., van de Wetering, M., Verbeek, S., Lamers, W., Kruisbeek, A., Cumano, A. en Clevers, H. Sox-4-gen is vereist voor de vorming van het hartuitstroomkanaal en de expansie van pro-B-lymfocyten. Natuur 380:711-714 (1996)
4. Molenaar, M., van de Wetering, M., Oosterwegel, M., Peterson-Maduro, J., Godsave, S., Korinek, V., Roose, J., Destrée, O. en Clevers, H. Xtcf-3 Transcriptiefactor medieert door bèta-catenine geïnduceerde asvorming in xenopus-embryo’s. Cel 86:391-399 (1996)
5. Korinek, V, Barker, N., Morin, PJ, van Wichen, D., de Weger, R., Kinzler, KW, Vogelstein, B. en Clevers, H. Constitutieve transcriptionele activering door een bèta-catenine-Tcf-complex bij APC-/- coloncarcinoom. Wetenschap 275: 1784-1787 (1997)
6. Morin, PJ, Sparks, A., Korinek, V., Barker, N., Clevers, H., Vogelstein, B. en Kinzler, K., Activering van de bèta-catenine-Tcf-signalering in darmkanker door mutaties in bèta-catenine of APC. Science 275:1787-1790 (1997)
7. van de Wetering, M., Cavallo, R., Dooijes, D., van Beest, M., van Es, J., Loureiro, J., Ypma, A., Hursh, D., Jones, T., Bejsovec, A., Peifer, M., Mortin, M. en Clevers, H. Armadillo co-activeert transcriptie aangedreven door het product van het Drosophila-segmentpolariteitsgen dTCF. Cel 88:789-799 (1997)
8. Korinek, V., Barker, N., Moerer, P., van Donselaar, E., Huls, G., Peters, PJ en Clevers, H. Uitputting van epitheliale stamcelcompartimenten in de dunne darm van muizen met een tekort aan Tcf 4. Nat Genet 19:379-383 (1998)
9. Roose, J., Molenaar, M., Peterson, J., Hurenkamp, ​​J., Brantjes, H., Moerer, P., van de Wetering, M., Destree, O. en Clevers, H. De Xenopus Wnt-effector XTcf-3 interageert met Groucho-gerelateerde transcriptionele repressoren. Natuur 395:608-612 (1998)
10. Roose, J., Huls, G., van Beest, M., Moerer, P., van der Horn, K., Goldschmeding, R., Logtenberg, T. en Clevers, H. Synergie tussen tumorsuppressor APC en het beta-catenine / Tcf4-doelgen Tcf1. Wetenschap 285: 1923-1926 (1999)
11. Korswagen, R., Herman, M. en Clevers, H. Afzonderlijke bèta-catenines bemiddelen Wnt-signalering en cadherine-adhesie in C. elegans. Nature 406:527-532 (2000)
12. Bienz, M. en Clevers, H. Het verband tussen darmkanker en Wnt-signalering. Cell 103:311-320 (2000)
13. van de Wetering, M., Sancho, E., Verweij, C., de Lau, W., Oving, I., Hurlstone, A., van der Horn, K., Batlle, E., Coudreuse, D., Haramis, AP., Tjon-Pon-Fong, M., Moerer, P., van den Born, M., Soete, G., Pals, S., Eilers, M., Medema, R. en Clevers, H. Het bèta-catenine/TCF4-complex legt een crypt-voorloperfenotype op aan colorectale kankercellen. Cel 111: 241-250 (2002)
14. Batlle, E., Henderson, JT, Beghtel, H., van den Born, M., Sancho, E., Huls, G., Meeldijk, J., Robertson, J., van de Wetering, M., Pawson, T. en Clevers, H. Beta-catenine en TCF bemiddelen celpositionering in het darmepitheel door de expressie van EphB/ephrinB te reguleren. Cell 111:251-263 (2002)
15. Hurlstone, AF, Haramis, AP, Wienholds, E., Begthel, H., Korving, J., van Eeden, F., Cuppen, E., Zivkovic, D., Plasterk, RH en Clevers, H. De Wnt / bèta-catenine-route reguleert de vorming van de hartkleppen. Natuur 425: 633-637 (2003)
16. Baas, AF, Kuipers, J., van der Wel, NN, Batlle, E., Koerten, HK, Peters, PJ en Clevers, H. Volledige polarisatie van enkelvoudige darmepitheelcellen na activering van LKB1 door STRAD. Cel 116: 457-466 (2004)
17. Haramis, AP, Begthel, H., van den Born, M., van Es, J., Jonkheer, S., Offerhaus, GJ en Clevers, H. De novo cryptvorming en juveniele polyposis na BMP-remming. Wetenschap 303: 1684-1686 (2004)
18. Radtke, F. en Clevers, H. Zelfvernieuwing en darmkanker: twee kanten van dezelfde medaille. Review Science 307:1904-1909 (2005)
19. Reya, T. en Clevers, H. Wnt-signalering in stamcellen en kanker. Nature 434:843-850 (2005)
20. van Es, JH, Van Gijn, ME, Riccio, O., van den Born, M., Vooijs, M., Begthel, H., Cozijnsen, M., Robine, S., Winton, DJ, Radtke, F. en Clevers H. Remming van de Notch-route/γ-secretase zet proliferatieve cellen in darmcrypten en neoplasie om in slijmproducerende cellen. Nature 435:959-963 (2005)
21. Batlle, E., Bacani, J., Begthel, H., Jonkheer, S., Gregorieff, A., van de Born, M., Malats, N., Sancho, E., Boon, E., Pawson, T., Gallinger, S., Pals, S. en Clevers, H. EphB-activiteit onderdrukt de progressie van colorectale kanker. Natuur 435: 1126-1130 (2005)
22. Clevers, H. Wnt/β-catenin-signalering in ontwikkeling en ziekte, Review Cell 127:469-480 (2006)
23. Barker, N., Van Es, JH, Kuipers, J., Kujala, P., Van den Born, M., Cozijnsen, M., Haegebarth, A., Korving, J., Begthel, H., Peters, PJ en Clevers, H. Identificatie van stamcellen in de dunne en dikke darm door middel van het merkergen LGR5. Nature 449:1003-1007 (2007)
24. Jaks, V., Barker, N, Kasper, M., van Es, JH, Snippert, HJ, Clevers, H., Toftgård, R. Lgr5 markeert cyclische, maar langlevende, haarfollikelstamcellen. Nat Genet. 40:1291-1299 (2008)
25. Barker, N., Ridgway, RA, van Es, JH, van de Wetering, M., Begthel, H., van den Born, M., Danenberg, E., Clarke, AR, Sansom, OJ en Clevers, H. Cryptstamcellen als de oorsprongscellen van darmkanker. Nature 457:608-611 (2009)
26. van der Flier, LG, van Gijn, ME, Hatzis, P., Kujala, P., Haegebarth, A., Stange, DE, Begthel, H., van den Born, M., Guryev, V., Oving, I., van Es, JH, Barker, N., Peters, PJ, van de Wetering, M. en Clevers, H. Transcriptiefactor Achaete Scute-Like 2 Controles Het lot van de darmstamcellen. Cel 136: 903-912 (2009)
27. Sato, T., Vries, R., Snippert, H., van de Wetering, M., Barker, N., Stange, D., van Es, J., Abo, A., Kujala, P., Peters, P. en Clevers, H. Enkele lgr5 darmstamcellen bouwen crypt-villusstructuren in vitro zonder een stromale niche. Nature 459:262-265 (2009)
28. Barker, N., Huch, M., Kujala, P., van de Wetering, M., Snippert, HJ, van Es, JH, Sato, T., Stange, DE, Begthel, H., van den Born, M., Danenberg, E., van den Brink, S., Korving, J., Abo, A., Peters, PJ, Wright, N., Poulsom, R. en Clevers, H. Lgr5(+ve) stamcellen stimuleren zelfvernieuwing in de maag en bouwen langlevende maageenheden in vitro . Cell Stem Cell 6:25-36 (2010)
29. Snippert, HJ, Haegebarth, A., Kasper, M., Jaks, V., van Es, JH, Barker, N., van de Wetering, M., van den Born, M., Begthel, H., Vries, RG, Stange, DE, Toftgård, R. en Clevers H. Lgr6 markeert stamcellen in de haarzakjes die alle celtypen van de huid genereren. Science 327:1385-1389 (2010)
30. Snippert, J., van der Flier, LG, Sato, T., van Es, JH, van den Born, M., Kroon-Veenboer, C., Barker, N., Klein, AM, van Rheenen, J. Benjamin D. Simons, BD en Clevers, H. Intestinale crypte-homeostase is het resultaat van neutrale concurrentie tussen symmetrisch verdelende Lgr5-stamcellen. Cel 143: 134-44 (2010)
31. de Lau, W., Barker, N., Low, TY, Koo, BK, Li, VS, Teunissen, H., Kujala, P., Haegebarth, A., Peters, PJ, van de Wetering, M., Stange, DE, van Es, J., Guardavaccaro, D., Schasfoort, RB, Mohri, Y., Nishimori, K., Mohammed,S., Heck, AJ en Clevers, H. Lgr5-homologen associëren met Wnt-receptoren en bemiddelen R-spondine-signalering. Natuur 476: 293-297 (2011)
32. Sato T., Stange, DE, Ferrante, M., Vries RG, Van Es, JH, van den Brink, S., van Houdt, WJ, Pronk, A, van Gorp, J., Siersema, PD en Clevers, H. Langetermijnexpansie van epitheliale organoïden uit menselijk colon, adenoom, adenocarcinoom en Barrett’s epitheel. Gastro-enterologie 141: 1762-1772 (2011)
33. Sato, T., van Es, JH, Snippert, HJ, Stange, DE, Vries, RG, van den Born, M., Barker, N., Shroyer, NF, van de Wetering, M. en Clevers, H. Paneth-cellen vormen de niche voor Lgr5-stamcellen in darmcrypten. Nature 469:415-418 (2011)
34. Li, VS, Ng, SS, Boersema, PJ, Low, TY, Karthaus, WR, Gerlach, JP, Mohammed, S., Heck, AJ, Maurice, MM, Mahmoudi, T. en Clevers, H. Wnt-signalering remt de proteasomale afbraak van β-catenine binnen een compositioneel intact Axin1-complex. Cell 149:1245-1256 (2012)
35. Koo, BK., Spit, M., Jordens, I., Low, TY, Stange, DE, van de Wetering, M., van Es, JH, Mohammed, S., Heck, AJR, Maurice, MM en Clevers, H. Tumorsuppressor RNF43 is een stamcel E3-ligase die endocytose van Wnt-receptoren induceert. Nature 488:665-669 (2012)
36. Schepers, AG, Snippert, HJ, Stange, DE, van den Born, M., van Es, JH, van de Wetering, M. en Clevers, H. Lineage Tracing onthult Lgr5+ stamcelactiviteit in darmadenomen van muizen. Wetenschap 337: 730-735 (2012)
37. van Es, JH, Sato, T., van de Wetering, M., Lyubimova, A., Yee Nee, AN, Gregorieff, A., Sasaki, N., Zeinstra, L., van den Born, M., Korving, J., Martens, AC, Barker, N., van Oudenaarden, A. en Clevers, H. Dll1(+) secretoire voorlopercellen keren terug naar stamcellen na schade aan de crypte. Nat Cel Biol . 14: 1099-1104 (2012)
38. Boj, S,F., van Es, JH, Huch. M., Li, VS, Jose, A., Hatzis, P., Mokry, M., Haegebarth, A., van den Born, M., Chambon, P., Voshol, P., Dor, Y., Cuppenm E., Fillat, C. en Clevers, H. Diabetesrisicogen en Wnt-effector Tcf7l2 / TCF4 regelen de leverrespons op de perinatale en volwassen metabolische vraag. Cel 151: 1595-1607 (2012)
39. Huch, M., Dorrell, C., Boj, SF, van Es, JH, van de Wetering, M., Li, VSW, Hamer, K., Sasaki, N., Finegold, MJ, Haft, A., Grompe, M. en Clevers, H. In vitro expansie van individuele Lgr5+ leverstamcellen geïnduceerd door Wnt-gestuurde regeneratie. Nature 494:247-250 (2013)
40. Sato, T. en Clevers, H. Het kweken van zelforganiserende mini-darmen uit een enkele intestinale stamcel: mechanisme en toepassingen. Review Science 340:1190-1194 (2013)
41. Clevers, H. De darmcrypt, een prototype stamcelcompartiment. Cell 154:274-284 (2013)
42. Stange, DE, Koo, BK, Huch, M., Sibbel, G., Basak, O., Lyubimova, A., Kujalla, P., Bartfeld, S., Koster, J., Geahlen, JH, Peters, PJ, van Es, J., van de Wetering, M., Mills, JC en Clevers, H. Gedifferentieerde Troy+ hoofdcellen fungeren als ‘reserve’ stamcellen om alle cellijnen van het maagepitheel te genereren. Cell 155:357-368 (2013)
43. Schwank, G., Koo, BK, Sasselli, V., Dekkers, JF, Heo, I., Demircan, T., Sasaki, N., Boymans, S., Cuppen, E., van der Ent, CK, Nieuwenhuis, EE, Beekman, JM en Clevers, H. Functionele reparatie van CFTR door CRISPR/Cas9 in intestinale stamcelorganoïden van patiënten met cystische fibrose. Cell Stem Cell 13:653-658 (2013)
44. Ritsma, L., Ellenbroek, SI, Zomer, A., Snippert, HJ, de Sauvage, FJ, Simons, BD, Clevers, H. en van Rheenen, J. Intestinale crypthomeostase onthuld op het niveau van één stamcel door in vivo live beeldvorming. Natuur 507: 362-365 (2014)
45. Karthaus, WR, Iaquinta, PJ, Drost, J., Gracanin, A., van Boxtel, R., Wongvipat, J., Dowling, CM, Gao, D., Begthel, H., Sachs, N., Vries, RG, Cuppen, E., Chen, Y., Sawyers, CL en Clevers, H. Identificatie van multipotente luminale progenitorcellen in organoïde culturen van de menselijke prostaat. Cell 159:163-175 (2014)
46. Huch, M., Gehart, H., van Boxtel, R., Hamer, K., Blokzijl, F., Verstegen, M., Ellis, E., van Wenum, M., Fuchs, S., de Ligt, J., van de Wetering, M., Sasaki, N., Boers, S., Kemperman, H., de Jonge, J. IJzermans, J., Niewenhuis, E., Hoekstra, R., Strom, S., Vries, R., van der Laan, L., Cuppen, E. en Clevers, H. Langdurige kweek van genoomstabiele bipotente stamcellen uit volwassen menselijke lever. Cel 160:299-312 (2015)
47. van de Wetering, M., Francies, HE, Francis, JM, Bounova, G., Lorio, F., Pronk, A., van Houdt, W., van Gorp, J., Taylor-Weiner, A., Kester, L., McLaren-Douglas, A., Blokker, J., Jaksani, S., Bartfeld, S., Volckman, R., van Sluis, P., Li, VSW, Seepo, S., Sekhar Pedamallu, C., Cibulskis, C., Carter, SL, McKenna, A., Lawrence, MS, Lichtenstein, L., Stewart, C., Koster, J., Versteeg, R., van Oudenaarden, A., Saez-Rodriguez, J., Vries, RGJ, Getz, G., Wessels, L., Stratton, MR, McDermott, U., Meyerson, M., Garnett, MJ en Clevers, H. Toekomstige ontwikkeling van een ‘levende organoïde biobank’ van patiënten met darmkanker. Cell 161:933-945 (2015)
48. Boj, SF, Hwang, CI, Baker, LA, Chio, II, Engle, DD, Corbo, V., Jager, M., Ponz-Sarvise, M., Tiriac, H., Spector, MS, Gracanin, A., Oni, T., Yu, KH, van Boxtel, R., Huch, M., Rivera, KD, Wilson, JP, Feigin, ME, Öhlund, D., Handly-Santana, A., Ardito-Abraham, CM, Ludwig, M., Elyada, E., Alagesan, B., Biffi, G., Yordanov, GN, Delcuze, B., Creighton, B., Wright, K., Park, Y., Morsink, FH, Molenaar, IQ, Borel Rinkes, IH, Cuppen, E., Hao, Y., Jin, Y., Nijman, IJ, Iacobuzio-Donahue, C., Leach, SD, Pappin, DJ, Hammell, M., Klimstra, DS, Basturk, O., Hruban RH, Offerhaus GJ, Vries RG, Clevers H, Tuveson DA. Organoïde modellen van ductale pancreaskanker bij mens en muis. Cel 160: 324-338 (2015)
49. Drost, J., van Jaarsveld, RH, Ponsioen, B., Zimberlin, C., van Boxtel, R., Buijs, A., Sachs, N., Overmeer, RM, Offerhaus, GJ, Begthel, H. Korving, J., van de Wetering, M., Schwank, G. Logtenberg, M., Cuppen, E., Snippert, HJ, Medema, JP, Kops, GJPL en Clevers, H. Opeenvolgende kankermutaties in gekweekte menselijke darmstamcellen. Natuur 521: 43-47 (2015)
50. Farin, HF, Jordens, I., Mosa, MH, Basak, O., Korving, J., Tauriello, DVF, de Punder, K., Angers, S., Peters, PJ, Maurice, MM en Clevers, H. Visualisatie van de kortdurende Wnt-gradiënt in de stamcelniche van de darm. Nature 530:340-343 (2016)
51. Clevers, H. Het modelleren van ontwikkeling en ziekte met organoïden. Cell 165:1586-1597 (2016)
52. Drost, J., van Boxtel, R., Blokzijl, F., Mizutani, T., Sasaki, N., Sasselli, V., de Ligt, J., Behjati, S., Grolleman, JE, van Wezel, T., Nik-Zainal, S., Kuiper, RP, Cuppen, E. en Clevers, H. Gebruik van CRISPR-gemodificeerde menselijke stamcelorganoïden om de oorsprong te bestuderen van mutatiesignaturen bij kanker. Wetenschap 358: 234-238 (2017)
53. Sachs, N., de Ligt, J., Kopper, , Gogola E., Bounova G., Weeber, F., Balgobind, AV, Wind, K., Gracanin, A., Begthel, H., Korving, J., van Boxtel, R., Duarte, AA, Lelieveld, D., van Hoeck, A., Ernst, RF, Blokzijl, F., Nijman, IJ, Hoogstraat, M., van de Ven, M., Egan, DA, Zinzalla, V., Moll, J., Boj, SF, Voest, EE, Wessels, L., van Diest, PJ, Rottenberg, S., Vries, RGJ, Cuppen, E. en Clevers, H. Een levende biobank van borstkankerorganoïden legt ziekteheterogeniteit vast. Cel 172:373-386 (2018)
54. Roerink, S., Sasaki, N., Lee-Six, H., Young, M., Alexandrov, L., Behjati, S., Mitchell, T., Grossmann, S., Lightfoot, H., Egan, D., Pronk, A., Smakman, N., van Gorp, J., Anderson, E., Gamble, S., Alder, C., van de Wetering, M., Campbell, P., Stratton, M. en Clevers, H. Intratumorale diversificatie in colorectale kanker op celniveau. Nature 556:457-462 (2018)
55. Heo, I., Dutta, Schaefer, DA, Lakobachvili, N., Artegiani, B., Sachs, N., Boonekamp, ​​KE, Bowden, G., Hendrickx, APA, Willems, RJL, Peters, PJ, Riggs, MW, O’Connor, R. en Clevers, H. Modellering van Cryptosporidium-infectie in menselijke dunnedarm- en longorganoïden. Nat Microbiol . 3:814-823 (2018)
56. Hu, H., Gehart, H., Artegiani, B., Löpez-Iglesias, C., Dekkers, F., Basak, O., van Es, J., Chuva de Sousa Lopes, SM, Begthel, H., Korving, J., van den Born, M., Zou, C., Quirk, C., Chiriboga, L., Rice, CM, Ma, S., Rios, A., Peters, PJ, de Jong, YP en Clevers, langetermijnuitbreiding van functionele muis- en menselijke hepatocyten als 3D-organoïden. Cel 175: 1591-1606 (2018)
57. Tuveson, D. en Clevers, Kankermodellering in combinatie met menselijke organoïdetechnologie. Science 364:952-955 (2019)
58. Gehart, H., van Es, JH, Hamer, K., Beumer, J., Kretzschmar, K., Dekkers, JF, Rios, A. en Clevers, Identificatie van entero-endocriene regulatoren door middel van realtime differentiatiekartering van individuele cellen. Cell 176:1158-1173 (2019)
59. Kopper, O., de Witte, CJ, Lõhmussaar, K., Valle-Inclan, JE, Hami, N., Kester, L., Balgobind, AV, Korving, J., Proost, N., Begthel, H., van Wijk, LM, Revilla, SA, Theeuwsen, R., van de Ven, M., van Roosmalen, MJ, Ponsioen, B., Ho, VWH, Neel, BG, Bosse, T., Gaarenstroom, KN, Vrieling, H., Vreeswijk, MPG, van Diest, PJ, Witteveen, PO, Jonges, T., Bos, JL, van Oudenaarden, A., Zweemer, RP, Snippert, HJG, Kloosterman, WP en Clevers, een organoïde platform voor eierstokkanker legt intra- en interpatiënt heterogeniteit vast. Nat Med . 25:838-849 (2019)
60. Tuveson, D. en Clevers, H. Kankermodellering ontmoet menselijke organoïdetechnologie. Science 364 :952-955 (2019)
61. Post, Y., Puschhof, J., Beumer, J., Kerkkamp, ​​HM, de Bakker, MAG, Slagboom, J., de Barbanson, B., Wevers, NR, Spijkers, XM, Olivier, T., Kazandjian, TD, Ainsworth, S., Iglesias, CL, van de Wetering, WJ, Heinz, MC, van Ineveld, RL, van Kleef, RGDM, Begthel, H., Korving, J., Bar-Ephraim, YE, Getreuer, W., Rios, AC, Westerink, RHS, Snippert, HJG, van Oudenaarden, A., Peters, PJ, Vonk, FJ, Kool, J., Richardson, MK, Casewell, NR en Clevers, Snake Venom Gland Organoids. Cel 180:233-247 (2020)
62. Artegiani, B., Hendriks, D., Beumer, J., Kok, R., Zheng, X., Joore, I., Chuva de Sousa Lopes, S., van Zon, J., Tans, S. en Clevers, H. Snelle en efficiënte generatie van knock-in menselijke organoïden met behulp van homologie-onafhankelijke CRISPR-Cas9 precisie-genoomeditering. Nat Cell Biol . 22:321-331 (2020)
63. Pleguezuelos-Manzano, C., Puschhof, J., Huber, AR, van Hoeck, A., Wood, HM, Nomburg, J., Gurjao, C., Manders, F., Dalmasso, G., Stege, PB, Paganelli, FL, Geurts, MH, Beumer, J., Mizutani, T., van der Linden, R., van Elst, S.; Genomics England Research Consortium, Top J., Willems, RJL, Giannakis, M., Bonnet, R., Quirke, P., Meyerson, M., Cuppen, E., van Boxtel, R. en Clevers, H. Mutationele signatuur bij colorectale kanker veroorzaakt door genotoxische pks ₊ coli. Natuur 580:269-273 (2020)
64. Geurts, MH, de Poel, E., Amatngalim, GD, Oka, R., Meijers, FM, Kruisselbrink, E., van Mourik, P., Berkers, G., de Winter-de Groot, KM, Michel, S., Muilwijk, D., Aalbers, BL, Mullenders, J., Boj, SF, Suen, SWF, Brunsveld, JE, Janssens, HM, Mall, MA, Graeber, SY, van Boxtel, R., van der Ent, CK, Beekman, JM en Clevers, H. CRISPR-gebaseerde adenine-editors corrigeren onzinmutaties in een organoïde biobank voor cystische fibrose. Celstamcel 26:503-510 (2020)
65. Lamers, MM, Beumer, J., van der Vaart, J., Knoops, K., Puschhof, J., Breugem, TI, Ravelli, RBG, van Schayck, JP, Mykytyn, AZ, Duimel, HQ, van Donselaar, E., Riesebosch, S., Kuijpers, HJH, Schipper, D., van de Wetering, WJ, de Graaf, M., Koopmans, M., Cuppen, E., Peters, PJ, Haagmans, BL en Clevers, H. SARS-CoV-2 infecteert productief menselijke darmenterocyten. Wetenschap 369:50-54 (2020)
66. Beumer, J., Puschhof, J., Bauzá-Martinez, J., Martínez-Silgado, A., Elmentaite, R., James, KR, Ross, A., Hendriks, D., Artegiani, B., Busslinger, G., Ponsioen, B., Andersson-Rolf, A., Saftien, A., Boot, C., Kretzschmar, K., Geurts, MH, Bar-Ephraim, YE, Pleguezuelos Manzano, C., Post, Y., Begthel, H., van der Linden, F., Lopez-Iglesias, C., van de Wetering, WJ, van der Linden, R., Peters, PJ, Heck, AJR, Goedhart, J., Snippert, H., Zilbauer, M., Teichmann, SA, Wu, W. en Clevers, H. Hoge resolutie mRNA- en secretome-atlas van menselijke entero-endocriene cellen. Cell 181:1291-1306 (2020)
67. Lohmussaar K., Oka R., Espejo Valle-Inclan J., Veersema S., […] van Boxtel R., Clevers H. Patiëntafgeleide organoïden modelleren de dynamiek van baarmoederhalsweefsel en virale oncogenese bij baarmoederhalskanker. Cell Stem Cell 28:1-17 (2021)
68. Bannier-Hélaouët M., Post Y., Korving J. […] Imhoff S., Clevers H. Het menselijk traanklieronderzoek met behulp van organoïden en single-cell sequencing. Cell Stem Cell 28:1-12 (2021)
69. He GW, Lin L, DeMartino J, Zheng X, […] Holstege F, Clevers H. Optimized human intestinal organoid model reveals interleukin-22-dependency of paneth cell formation. Cell Stem Cell 29:1333-1345 (2022)
70. Hendriks D, Brouwers JF, […] Artegiani B, Clevers H. Engineered human hepatocyte organoids enable CRISPR-based target discovery and drug screening for steatosis.
    Biotechnology 41(11): 1567-1581 (2023)
71. Dayton T, Alcala N, Moonen L, Den Hartigh L […] Fernández-Cuesta L, Clevers H. Druggable Growth Dependencies and Tumor Evolution Analysis in Patient-Derived Organoids of Neuroendocrine Neoplasms from Multiple Body Sites. Cancer Cell, 41(12):2083-2099.e9. (2023).
72. Lin L, DeMartino J, Wang D, Van Son JF,  […] Van Es J, Clevers, H. Unbiased transcription factor CRISPR screen identifies ZNF800 as master repressor of enteroendocrine differentiation. Science, 27, 382: 451-458 (2023)
73. Hendriks D, Pagliaro A, Andreatta F, Ma Z, […] Clevers H*, Artegiani B* (*: equal contribution). Human fetal brain self-organizes into long-term expanding organoids. Cell 178: 712-732 (2024)
74. Bannier-Hélaouët M, Korving J, Ma Z, Begthel H, […] Wu W, Clevers H.  Human conjunctiva organoids to study ocular surface homeostasis and diseases. Cell Stem Cell 31:227-243 (2024).
75. Huang L, Bernink JH, Giladi A, Krueger D […] Peters PJ, Clevers HTuft cells act as regenerative stem cells in the human intestine. Nature 634(8035):929-935 (2024)
76. Beumer, J, Geurts, MH, Geurts, V, Andersson-Rolf, A, Akkerman, A, […] Van Es, J, Clevers, H. Description and functional validation of human enteroendocrine cell sensors, Science 18;386(6719):341-348 (2024)
77. Mizutani T, Boretto M, Lim S, Drost J, […] van Boxtel R, Clevers H. Recapitulating the adenoma-carcinoma sequence by selection of four spontaneous oncogenic mutations in mismatch-repair-deficient human colon organoids, Nature Cancer (2024)
78. Andersson-Rolf, A, Groot, K, Korving, J, Begthel, H, […] van Es, J, Clevers, H. Long-term in vitro expansion of a human fetal pancreas stem cell that generates all three pancreatic cell lineages,
    Cell 187, 7394–7413 (2024)
79. Wang D, Spoelstra W, Lin L, Akkerman N, […] van Es J, Clevers H. Interferon-responsive intestinal BEST4/CA7+ cells are targets of bacterial diarrheal toxins. Cell Stem Cell 32, 1-15 (2025)
80. Krueger D, Spoelstra WK, Mastebroek JW, Rutger Kok, NU, […] Tans, SJ, Clevers, H. Epithelial tension controls intestinal cell extrusion. Science 389(6764):eadr8753 (2025).
81. Wang, D, Lim, S., … and Clevers, H. Human gut M cells resemble dendritic cells and present gluten antigen. Nature (doi: 10.1038/s41586-025-09829-8), 2025
82. Clevers, H. Shifting Paradigms in Tissue Stem Cell Biology: Insights from the Intestine (review). Cell (in press), 2026