Over Ons
Onderzoeksgroepen
Vrienden
Onderzoekers bij het Hubrecht Institute kunnen gebruik maken van een moderne onderzoeksinfrastructuur, waarmee ze hoge doelen kunnen stellen. De faciliteiten worden beheerd door bekwame analisten en worden aangepast aan de behoeften van de onderzoekers.
Imaging wordt steeds belangrijker in de biomedische wetenschappen en het onderzoek bij het Hubrecht Institute. Om te voldoen aan de groeiende vraag naar imaging-apparatuur is in 2009 het Hubrecht Imaging Center (HIC) opgericht. Het Hubrecht Institute heeft de laatste jaren verschillende geavanceerde microscopen aangeschaft, die nu onder de verantwoordelijkheid van het HIC vallen.
Het HIC assisteert bij eenvoudige fase-contrast-imaging tot imaging van levend weefsel in hoge resolutie. Geavanceerde systemen die beschikbaar zijn bij het HIC zijn confocale, twee-foton- TIRF-, FRAP- en FRET (inclusief FLIM)-microscopie. Het imaging center heeft niet alleen moderne imagingsystemen in zijn beheer; ook enkele historische microscopen zijn behouden.
Wetenschappers bij het Hubrecht Institute gebruiken imaging om intra- en extracellulaire processen in de tijd te volgen. Intravitale microscopie stelt hen bijvoorbeeld in staat om de adaptieve processen van cellen te visualiseren in levende dieren. Deze techniek maakt biologische processen inzichtelijk, om bijvoorbeeld bij muizen individuele tumorcellen voor een aantal weken te volgen op subcellulair niveau. Geavanceerde microscopietechnieken kunnen ook inzicht bieden in processen zoals mitose en chromosomale instabiliteit.
Het HIC verzekert onderzoekers ervan dat de geavanceerde imagingapparatuur van het Hubrecht Institute goed functioneert en optimaal wordt gebruikt. Dat gebeurt door alle systemen periodiek te testen en te optimaliseren, nieuwe onderzoekers te trainen en ondersteuning te bieden bij imagingexperimenten.
Single-Cell Core, een faciliteit van het Hubrecht Instituut, biedt een breed scala aan nieuwe, geavanceerde single-cell sequencing-diensten om (epi)genomische veranderingen op single-cell niveau te detecteren.
Genetische veranderingen spelen een belangrijke rol bij het ontstaan van verschillende ziekten. Bij kanker zijn er bijvoorbeeld tumorclonen met duidelijke genetische veranderingen, zoals single nucleotide variations (SNV’s), copy number variations (CNV’s) en indels. Deze heterogeniteit is van cruciaal belang voor de ontwikkeling, proliferatie en metastatisch potentieel van tumoren, en speelt ook een belangrijke rol bij therapieresistentie. Single-cell sequencing wordt gebruikt om het (epi)genoom van afzonderlijke cellen te onderzoeken en het concept van heterogeniteit te ontrafelen.
De afgelopen jaren zijn er veel nieuwe sequencingtechnologieën ontwikkeld in de onderzoeksgroepen van Alexander van Oudenaarden en Geert Kops. Om deze technieken breed beschikbaar te maken, is in 2020 Single-Cell Core gelanceerd. Vanuit onze locatie in het Hubrecht Instituut hebben we al vroeg toegang gekregen tot technologieën die nog geen enkel ander laboratorium gebruikte. Hierdoor konden we een unieke expertise opbouwen op het gebied van chromatineprofilering en karyotypering, waardoor we een voorsprong hebben opgebouwd op het gebied van single-cell DNA-sequencing. Sindsdien heeft Single-Cell Core zijn klanten portfolio uitgebreid van onderzoeksinstituten op het Utrecht Science Park naar medische centra in Nederland en wetenschappelijke organisaties in het buitenland.
Technologieën die we momenteel aanbieden zijn onder andere chromatine-immunocleavage-sequencing (ChIC-seq), transcriptoom + chromatine-immunocleavage-sequencing (TChIC-seq), karyotype-sequencing (Karyo-seq) en EdU-sequencing (EdU-seq).
De Flow Cytometry Core facility biedt gebruikers van het Hubrecht Institute, het UMC Utrecht en het Prinses Máxima Centrum moderne apparatuur voor flowcytometrie en het sorteren van cellen. De faciliteit wordt continu uitgebreid met nieuwe software en apparatuur, die onderzoekers de mogelijkheid bieden om cellen te sorteren en analyseren volgens maximaal 18 fluorescente parameters.
De Flow Cytometry Core facility is beschikbaar voor:
Bij onderzoek in de levenswetenschappen wordt steeds vaker gewerkt met grote datasets en kunstmatige intelligentie. Analyse van grote hoeveelheden sequencing data, kwantitatieve analyse van microscopieafbeeldingen en het bepalen of simuleren van eiwitstructuren: het vraagt allemaal om substantiële rekenkracht en opslagcapaciteit. Daarom werd in 2025 het Shared Hubrecht Advanced Research Computing Cluster (SHARCC) in gebruik genomen om geavanceerde rekenfaciliteiten in-house beschikbaar te stellen voor ons onderzoek.
Het cluster bestaat uit:
Het Hubrecht Institute heeft zijn eigen dierenfaciliteit, waarin rondwormen (Caenorhabditis elegans), fruitvliegen (Drosophila melanogaster), zebravissen (Danio rerio) en kikkers (Xenopus laevis) leven. Daarnaast heeft de faciliteit knaagdieren onder zijn hoede, zoals muizen, stekelmuizen en ratten.
Wanneer dit mogelijk is worden dierexperimenten vervangen door in vitro-modellen, zoals organoïden. Daarmee wordt het aantal proefdieren verminderd. Op de wetenschappelijke experimenten waarbij een vervangend model niet mogelijk is, is continu toezicht. Het aantal dierexperimenten wordt daarmee verfijnd en beperkt tot een minimum. Op alle dierexperimenten bij het Hubrecht Institute is de gebruikelijke Nederlandse wetgeving van toepassing.
Tevens heeft De Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen, waar het Hubrecht Instituut onderdeel van is, de Nederlandse Transparantieovereenkomst dierproeven ondertekend. Meer informatie over deze overeenkomst is hier te vinden.
Naast de faciliteiten die het Hubrecht Institute zelf heeft, biedt de omgeving van het Utrecht Science Park meer dan 50 gedeelde faciliteiten. Deze kunnen worden gebruikt door alle onderzoekers die daar werken. Een overzicht van alle beschikbare faciliteiten op het Utrecht Science Park staat op de website van Utrecht Life Sciences.
