Credit: SELLEK 11 september 2025 Gastruloïden en DNA-replicatie – Promotie Vincent van Batenburg Terug naar nieuws Vincent van Batenburg heeft op 11 september met succes zijn proefschrift verdedigd, met de titel ‘Biophysische applicatie van enkele-cel sequencen op het meten van frequenties en snelheden’. Hij deed zijn promotieonderzoek in de Van Oudenaarden groep. Hier heeft hij gewerkt met gastruloïden, een model voor de vroege embryonale ontwikkeling, en daarnaast een nieuwe techniek ontwikkeld voor onderzoek naar DNA-replicatie, het kopiëren van DNA. Embryomodel Tijdens het eerste deel van zijn PhD werkte Van Batenburg aan gastruloïden. Dit zijn klompjes stamcellen in het lab, die erg lijken op de beginfase van een embryo. Daarom kunnen ze gebruikt worden voor onderzoek naar de eerste stappen van de embryonale ontwikkeling. “Aan onderzoek met echte embryo’s zitten veel haken en ogen,” zegt Van Batenburg. “Maar gastruloïden kun je in grote aantallen uit stamcellen maken en ze lijken genoeg op echte embryo’s om er veel van te kunnen leren. Hierdoor hebben we minder embryo’s nodig voor onderzoek.” Van Batenburg ontdekte dat in gastruloïden, net als in echte embryo’s, somietvorming optreedt. Hierbij worden kleine ‘blokjes’ weefsel gevormd, die uiteindelijk verschillende delen van het lichaam vormen, zoals de ruggenwervels. “Ik hoop dat onderzoek met gastruloïden uiteindelijk kan bijdragen aan het begrijpen van de vroege embryonale ontwikkeling, en ook waarom de ontwikkeling in sommige gevallen fout gaat,” aldus Van Batenburg. Snelheidsmeting in de cel Van Batenburg’s tweede project was het ontwikkelen van een techniek waarmee DNA-replicatie in detail kan worden onderzocht. DNA-replicatie vindt plaats voordat een cel zich in tweeën deelt. Het DNA wordt gekopieerd, zodat de nieuwe cellen allebei een volledige set genetische informatie meekrijgen. Van Batenburg ontwikkelde een techniek waarmee wetenschappers voor het eerst de snelheid van DNA-replicatie konden bepalen in individuele cellen. Voorheen kon zo’n snelheidsmeting alleen in heel veel cellen tegelijk, en bleven verschillen tussen afzonderlijke cellen dus verborgen. Dit maakte het moeilijk om te bepalen welke factoren invloed hebben op het verloop van de DNA-replicatie. Met de nieuwe techniek was dit wel mogelijk. Van Batenburg en zijn collega’s ontdekten bijvoorbeeld dat het kopiëren van DNA langzamer gaat in regio’s waar transcriptie plaatsvindt. Op die plekken worden genen afgeschreven, om uiteindelijk eiwitten te produceren die allerlei celprocessen uitvoeren. Vinden transcriptie en replicatie tegelijkertijd op dezelfde plek plaats, dan zitten ze elkaar in de weg en vertraagt de DNA-replicatie. Goede discussies en hard werken Terugkijkend op zijn PhD, heeft Van Batenburg goede herinneringen aan de dagelijkse discussies met collega’s. “Het voelt als een privilege om te mogen leren van zulke gemotiveerde en inspirerende mensen,” zegt hij. Een wetenschappelijk hoogtepunt was de eerste keer dat hij bewijs zag voor somietvorming in zijn gastruloïden. “Dat was echt een bijzonder gevoel, een mix van opluchting en spanning, en tegelijkertijd stress dat ik de bestanden wel goed opsloeg, omdat ik zag dat het belangrijke data was.” Natuurlijk waren er ook minder leuke dingen tijdens zijn PhD. Zo was celkweek in het weekend niet zijn favoriete taak. Hij vond het dan ook niet erg toen dit niet meer hoefde. Toekomstige PhD-studenten adviseert hij om zoveel mogelijk van het proces te genieten. “Het kan soms best zwaar zijn, dus het is niet een baan die je moet doen als je het niet minstens af en toe leuk vindt.” Van Batenburg viert het behalen van zijn PhD met zijn vrienden en familie. Zijn volgende stap leidt hem naar het Nederlands Kanker Instituut (NKI) in Amsterdam. “Ik ben begonnen met een postdoc in de groep van Ton Schumacher. Hier ga ik immunologisch onderzoek doen naar de biologie van T-cellen.”
