Single cell sequencing

De Single Cell Sequencing Faciliteit van het Hubrecht Instituut werd opgericht in juli 2016 als een antwoord op de groeiende vraag naar single cell RNA sequencing projecten zowel binnen als buiten het instituut. De faciliteit maakt het mogelijk voor labs zonder de vaardigheden en apparatuur in huis te hebben, toch hun onderzoek te ondersteunen met single cell transcriptome data.

De Single Cell sequencing faciliteit maakt gebruik van de SORTseq pijplijn. In deze pijplijn worden single cells gesort in 384 wells-platen die reeds gebarcode CELseq2 primers bevatten. Deze platen worden verschaft door de faciliteit. De FACS-sort zal geregeld moeten worden door de client. Naast de platen is het ook aan te raden om een paar bulk samples te sorten (bijvoorbeeld 500-1000 cellen) voor een RNA kwaliteitscheck. De platen en bulk samples worden teruggestuurd naar de faciliteit, waarop de platen via het CELseq2 protocol worden verwerkt (Hashimshony et al., 2016). De resulterende DNA libraries worden na evaluatie voor sequencing naar het USF (www.Useq.nl) gestuurd. Wanneer de sequencingdata terug is, worden de gesequencede reads gemapt naar een passend referentie genoom, en is de resulterende data toegankelijk voor analyse.

Het verwerken en sequencen van de platen kost gemiddeld 3 weken. Te verwachten is dat het minstens 2 maanden duurt nadat de gesorte plaat/platen ontvangen zijn door de faciliteit alvorens de data terug is. Elke 384 wells-plate kost ongeveer €1000,- (exclusief BTW). Sequence en reagentia kosten zijn inbegrepen.

Als je gebruik wilt maken van de faciliteit, neem dan contact op met Judith Vivié via j.vivie[at]hubrecht.eu om een afspraak te maken.

Over single cell sequencing

Waar voorheen alleen cellen in grote hoeveelheden konden worden geanalyseerd, is het nu mogelijk om in één enkele cel te kijken wat er voor activiteiten plaatsvinden. Door deze nieuwe techniek is duidelijk geworden dat elke cel uniek is, met soms ook een unieke impact op de rest van het weefsel. Meer achtergrond informatie over single cell sequencen? Kijk dan onderstaande video: