Single cell sequencing

De Single Cell Sequencing Faciliteit van het Hubrecht Instituut werd opgericht in juli 2016 als een antwoord op de groeiende vraag naar projecten rond single cell RNA-sequencing, zowel binnen als buiten het instituut. De faciliteit maakt het voor labs zonder de vaardigheden en apparatuur in huis mogelijk hun onderzoek te ondersteunen met single cell transcriptoomdata.

De Single Cell Sequencing Faciliteit maakt gebruik van de SORTseq-pijplijn. In deze pijplijn worden single cells gesorteerd in 384 wells-platen die reeds gebarcode CELseq2-primers bevatten. De faciliteit verschaft deze platen en de klant regelt de FACS-sort. Naast de platen is het ook aan te raden om een paar bulk-samples te sorteren (bijvoorbeeld 500 tot 1000 cellen) voor een RNA-kwaliteitscheck. De platen en bulksamples worden teruggestuurd naar de faciliteit, waarop ze via het CELseq2-protocol worden verwerkt (Hashimshony et al., 2016). De resulterende DNA-libraries worden na evaluatie voor sequencing naar het USF (www.Useq.nl) gestuurd. Wanneer de sequencingdata terug is, worden de reads gemapt naar een passend referentiegenoom, en is de resulterende data toegankelijk voor analyse.

Het verwerken en sequencen van de platen kost gemiddeld drie weken. Te verwachten is dat het minstens twee maanden duurt nadat de gesorte platen ontvangen zijn door de faciliteit alvorens de data terug is. Elke 384 wells-plate kost ongeveer €1000,- (exclusief BTW). Kosten voor sequencen en reagentia zijn inbegrepen.

Als je gebruik wilt maken van de faciliteit, neem dan contact op met Judith Vivié via j.vivie[at]hubrecht.eu om een afspraak te maken.

Over single cell sequencing

Waar voorheen alleen cellen in grote hoeveelheden konden worden geanalyseerd, is het nu mogelijk om de activiteiten van één enkele cel te bekijken. Door deze nieuwe techniek is duidelijk geworden dat elke cel uniek is, met soms ook een unieke impact op de rest van het weefsel.

Meer achtergrondinformatie over single cell sequencen? Kijk dan onderstaande video: