Epigenomics onderzoek

Ons doel is om over het gehele genoom epigenetische modificaties in kaart te brengen om zo te begrijpen hoe cellen met dezelfde genetische informatie toch kunnen verschillen van elkaar. Daarbij kijken we hoe omgevingsfactoren het DNA instucties geven door deze epigenetische modificaties te beinvloeden en hoe dit bijdraagt aan de ontwikkeling en evolutie van de hersenen het ontstaan van ziektes van de hersenen en kanker.

Menno Creyghton

Menno Creyghton haalde zijn PhD in 2006 aan de universiteit van Utrecht voor zijn werk aan het Nederlands Kanker Instituut in the laboratorium van Prof. Rene Bernards. Hier werkte hij aan de identificatie van kanker relevante netwerken. Met een beurs van het Koningin Wilhelhelmina Fonds starte hij zijn post doctoraal onderzoek in het laboratorium van Rudolf Jaenisch in het Whitehead Institute voor biomedisch onderzoek (Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA). Hier bestudeerde hij het proces van herprogrammeren van volwassen celtypen naar embryonale stamcellen. Zijn studies waren voornamelijk gericht op de epigenetische veranderingen die tijdens het programmeren en herprogrammeren van cell identiteit plaatsvinden. In 2011 starte hij zijn eigen laboratorium aan het Hubrecht instituut waar hij deze studies voortzet in humaan weefsels in de context van verschillende aandoeningen waaronder kanker.

m.creyghton(at)hubrecht.eu

Team membersCreyghton groep

Menno Creyghton

Group Leader
m.creyghton [at] hubrecht.eu

Sander Tan

PhD-student
s.tan@hubrecht.eu

Caroline Wiggers

PhD-student
c.wiggers@hubrecht.eu

Maartje Vermunt

PhD student
m.vermunt@hubrecht.eu

Bas Castelijns

PhD student
b.castelijns@hubrecht.eu

Toon meer

Show more

Onderzoek

Creyghton: Epigenomics

Ontrafelen hoe cellen en organen verschillend kunnen zijn terwijl de genetische informatie (het DNA) in elke cell identiek is vertegenwoordigd een van de huidige grote uitdagingen voor de medische wetenschap. Het DNA is bedekt met chemische (epigenetische) modificaties en eiwitten die bepalen welke stukken van het DNA beschikbaar zijn en hoe deze beschikbaar zijn. Deze epigenetische modificaties zijn anders in elke verschillende cel en zorgen er dus voor dat het beschikbare DNA voor elk type cell verschillend is. Hierdoor staan in elke cel andere genen aan wat de nodige variatie geeft om met één set DNA de grote variatie...

Lees meer

Key publications

Vermunt, M.W., Tan S.C., Castelijns B., Geeven, G., Reinink, P., de Bruijn, E., Kondova I., Persengiev S., Netherlands Brain Bank; Bontrop R., Cuppen, E., de Laat, W. and Creyghton M.P. Epigenomic annotation of gene regulatory alterations during evolution of the primate brain. Nature Neurosci. (2016) 3: 494-503 pdf

Vermunt, M.W., Reinink, P., Korving J., de Bruijn, E., Creyghton, P.M., Basak, O., Geeven, G., Toonen, P.W., Lansu, N., Meunier, C., Heesch, S., Netherlands Brain Bank; Clevers, H., de Laat, W., Cuppen, E. and Creyghton M.P. Large scale identification of co-regulated enhancer networks in the adult human brain. Cell Rep. (2014) 9: 1-13

Creyghton, M.P., Cheng, A., Welstead, G.G., Kooistra, T., Carey, B.W., Steine, E.J., Hanna, J., Lodato, M.A., Frampton ,G.M., Sharp, P.A., Boyer, L.A., Young, R.A., Jaenisch, R. Histone H3K27ac seperates active from poised enhancers and predicts developmental state. Proc. Natl. Acad. Sci. (2010) 107: 21931-21936.

Creyghton, M.P., Markoulaki, S., Levine, S., Hanna, J., Lodato, M.A., Sha, K., Young, R.A., Jaenisch, R., Boyer, L.A. H2AZ if enriched at polycomb complex target genes in ES cells and is necessary for lineage commitment. Cell (2008) 135: 649-661.

All publications

Vermunt, M.W., Tan S.C., Castelijns B., Geeven, G., Reinink, P., de Bruijn, E., Kondova I., Persengiev S., Netherlands Brain Bank; Bontrop R., Cuppen, E., de Laat, W. and Creyghton M.P. Epigenomic annotation of gene regulatory alterations during evolution of the primate brain. Nature Neurosci. (2016) 3: 494-503 pdf

Geeven G., Zhu Y., Kim B.J., Bartholdy B.A., Yang S.M., Macfarlan T.S., Gifford W.D., Pfaff S.L., Verstegen M.J., Pinto H., Vermunt M.W., Creyghton M.P., Wijchers P.J., Stamatoyannopoulos J.A., Skoultchi A.I., de Laat W. Local compartment changes and regulatory landscape alterations in histone H1-depleted cells. Genome Biol. (2015) 16(1):289

Peeters J.G., Vervoort S.J., Tan S.C., Mijnheer G., de Roock S., Vastert S.J., Nieuwenhuis E.E., van Wijk F., Prakken B.J., Creyghton M.P., Coffer P.J., Mokry M., van Loosdregt J. Inhibition of Super-Enhancer Activity in Autoinflammatory Site-Derived T Cells Reduces Disease-Associated Gene Expression. Cell Rep. (2015) Sep 29;12(12):1986-96.

Vermunt, M.W., Reinink, P., Korving J., de Bruijn, E., Creyghton, P.M., Basak, O., Geeven, G., Toonen, P.W., Lansu, N., Meunier, C., Heesch, S., Netherlands Brain Bank; Clevers, H., de Laat, W., Cuppen, E. and Creyghton M.P. Large scale identification of co-regulated enhancer networks in the adult human brain. Cell Rep. (2014) 9: 1-13

Kanski, R., Sneeboer, M., van Bodegraven, E., Sluijs, J.A., Kropff, W.W., Vermunt, M.W., Creyghton, M.P., De Filippis, L., Vescovi, A., Aronica, E., van Tijn, P., van Strien, M and Hol, E. Histone acethylation in astrocytes supresses GFAP and stimulates a re-organization of the intermediate filament network. J. Cell Sci. (2014) Oct 15;127(Pt 20):4368-80

Welstead G.G., Creyghton, M.P., Bilodeau S., Cheng A.W., Markoulaki S., Young R.A., Jaenisch R. X-linked H3K27me3 demethylase Utx is required for embryonic development in a sex-specific manner. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. (2012) Aug 7; 109(32):13004-9.

Carey B.W., Markoulaki S., Hanna, J., Faddah D.A., Buganim Y, Kim J, Ganz K, Steine E.J., Cassady J.P., Creyghton, M.P., Welstead G.G., Gao Q, Jaenisch R. Reprogramming factor stoichiometry influences the epigenetic state and biological properties of induced pluripotent stem cells. Cell Stem Cell. (2011) Dec 2; 9(6):588-98.

Creyghton, M.P., Cheng, A., Welstead, G.G., Kooistra, T., Carey, B.W., Steine, E.J., Hanna, J., Lodato, M.A., Frampton ,G.M., Sharp, P.A., Boyer, L.A., Young, R.A., Jaenisch, R. (2010) Histone H3K27ac seperates active from poised enhancers and predicts developmental state. Proc. Natl. Acad. Sci. (2010) 107: 21931-21936.

Hanna, J., Saha, K., Pando, B., van Zon, B., Lengner, C.J., Creyghton, M.P., van Oudenaarden, A., Jaenisch, R. Direct reprogramming is a stochastic process amenable to acceleration. Nature (2009) 462: 595-601.

Creyghton, M.P., Markoulaki, S., Levine, S., Hanna, J., Lodato, M.A., Sha, K., Young, R.A., Jaenisch, R., Boyer, L.A. H2AZ if enriched at polycomb complex target genes in ES cells and is necessary for lineage commitment. Cell (2008) 135: 649-661.

Hanna, J., Markoulaki, S., Schorderet, P., Carey, B.W., Beard, C., Wernig, M., Creyghton, M.P., Steine, E.J., Cassady, J.P., Foreman, R., Lengner, C.J., Dausman, J.A. & Jaenisch, R. Direct reprogramming of terminally differentiated mature B lymphocytes to pluripotency. Cell (2008) 133, 250-264.

Eichhorn P.J., Creyghton, M.P., Bernards R. Protein phosphatase 2A regulatory subunits and cancer. BBA reviews on cancer. (2008) 1795, 1-15

Eichhorn P.J., Creyghton, M.P., Wilhelmsen K., van Dam H., Bernards R. A RNA interference screen identifies the Protein Phosphatase 2A subunit PR55gamma as a stress-sensitive inhibitor of c-SRC. PloS Genet. (2007) Dec;3(12):e218.

Creyghton, M.P., Roël G, Eichhorn P.J., Vredeveld L.C., Destrée O., Bernards R. PR130 is a modulator of the Wnt-signaling cascade that counters repression of the antagonist Naked cuticle. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. (2006) Apr 4; 103(14):5397-402

Creyghton, M.P., Roël G, Eichhorn P.J., Hijmans E.M., Maurer I., Destrée O., Bernards R. PR72, a novel regulator of Wnt signaling is required for Naked cuticle function. Genes Dev. (2005) 19(3): 376-86.